Die aromatisch duftenden, leuchtend orangegelben Blüten der Arnica Montana L. versinnbildlichen den landwirtschaftlichen Charakter der Gemeinde Herzogsdorf und erinnern darüber hinaus an die Verwendung dieser zu den Korbblütlern zählenden Pflanze in der Volksmedizin.
Der prächtige Herzogshut verweist auf den ehemaligen Besitz der Herzöge von Österreich im heutigen Gemeindegebiet und erklärt so auch den erstmals im Jahre 1499 schriftlich im Urbar der Herrschaft Waxenberg als „Hertzogstorff“ erscheinenden Siedlungsnamen. Entworfen hat das Hoheitszeichen einst Herbert Erich Baumert. Offiziell von der oberösterreichischen Landesregierung abgesegnet wurden das Wappen und die Gemeindefarben am 23. Oktober 1978.
